Es un grupo de siete académicos, elegidos cada 2 años, que representan a la Academia y toman la mayor parte de las decisiones dentro de ella.
Jorge Hernán Velásquez Restrepo
Presidente
Es el representante máximo de la Academia, y se debe destacar por su producción en el campo de la Genealogía.
Javier Pardo de Castro
Vicepresidente
Es el representante que acompañará en sus funciones al presidente si este se ausenta. Se debe destacar también por su conocimiento en el campo de la Genealogía.
Camila Giraldo Bolívar
Secretaria General
Es el cargo ejecutivo de mayor representación en la Junta. Organiza, lidera, realiza, administra y gestiona la mayor parte de las actividades de la Academia.